function dIOS() {
   return ( navigator.userAgent.match(/(iPhone|iPod|iPad)/i) );
}

$('.fancybox').fancybox({
    ******** your settings ********
    afterShow: function() { 
        if ( dIOS() ) { $('body').css({'position': 'fixed'}); } 
    },
    afterClose: function() {
        if ( dIOS() ) { $('body').css({'position': ''}); }
    }
});